1. 자진신고납부
(1) 정기분 신고 및 납부

① 정기분 신고
과세기준일(매년 6월1일) 현재 재산세 과세대상 주택 및 토지 소유자로 종합부동산세 납세의무자는 매년 12월 1일부터 12월 15일까지 종합부동산세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

② 정기분 납부
종합부동산세를 신고한 납세의무자는 신고기한(12월 1일부터 12월 15일까지)이내에 「국세징수법」에 의한 납부서에 의하여 한국은행(그 대리점 포함) 또는 체신관서에 납부하여야 한다.

※ 종합부동산세 신고시 제출하여야 할 서류 및 기재사항

>종합부동산세 신고서
- 납세의무자의 성명 및 주민등록번호, 사업자등록번호, 주소(납세의무자가 법인인 경우에는 법인명, 법인등록번호, 사업자등록번호, 본점소재지)등 납세의무자를 확인할 수 있는 사항
- 종합부동산세 과세표준
- 공제세액 및 가산세액
- 납부세액
- 그 밖에 물납 및 분납에 관한 사항

> 종합부동산세 과세표준 계산명세서
- 과세표준의 계산
- 과세대상 물건명세

> 세부담 상한을 신청하는 경우 세부담상한 적용신청서
> 합산배제 주택 등이 있는 경우 합산배제 임대주택 등 합산배제신청서

(2) 수정신고 및 추가납부 등
① 수정신고
종합부동산세 신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세의무자는 종합부동산세 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 종합부동산세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때에는 종합부동산세법의 규정에 의하여 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준 수정신고서를 제출할 수 있다.

② 기한후신고
종합부동산세 신고서를 법정신고기한 내에 제출하지 아니한 자로서 종합부동산세법에 의하여 납부하여야 할 세액(가산세 제외)이 있는 자는 관할세무서장이 종합부동산세법에 의하여 과세표준과 세액을 결정하여 통지하기 전까지는 기한후 과세표준신고서를 제출할 수 있으며 기한후 과세표준신고서 제출과 동시에 그 세액과 가산세를 납부하여야 한다.

③ 추가자진납부
과세표준 수정신고서를 제출한 납세의무자가 이미 납부한 세액이 과세표준 수정신고액에 상당하는 세액에 미달하는 때에는 그 부족액과 종합부동산세법에서 정하는 가산세를 종합부동산세 과세표준 수정신고서의 제출과 동시에 추가하여 납부하여야 한다.

2. 가산세
1) 신고불성실 가산세
종합부동산세법 제16조 제1항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 금액

2) 납부불성실 가산세
종합부동산세법 제16조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 부족세액에 납부기한 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간에 1일 10,000분의 3의 이자율을 적용하여 계산한 금액

3) 가산세 특례
① 종합부동산세법 부칙에 의한 특례
종합부동산세법 시행초기임을 감안하여 법 시행일부터 3년간(2005년도분, 2006년도분, 2007년도분) 종합부동산세에 대한 가산세를 부과하지 않는다.

② 수정신고에 의한 감면
과세표준 수정신고서를 법정신고기한 경과 후 6월 이내에 제출한 종합부동산세 납세의무자에 대하여는 최초의 과소신고로 인하여 부과하여야 할 가산세의 100분의 50에 상당하는 세액을 경감한다. 다만, 과세표준 수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우에는 그러하지 아니한다.

3. 세액공제
종합부동산세법 제18조 규정에 의한 가산세의 적용을 이 법시행일부터 3년간은 면제하되 성실 신고납부를 유도하기 위하여 가산세가 면제되는 기간 동안은 법 제16조의 규정한 기간 이내에 신고납부하는 경우에는 법 제9조 및 제10조 또는 제14조 및 제15조의 규정에 의하여 산출한 세액의 100분의 3을 공제한다.